A Seção de Medicamentos, lotada na Divisão de Farmácia, possui a atribuição de abastecer os setores da Medicina, de Laboratório e de Odontologia com materiais hospitalares, medicamentos e insumos,imprescindíveis a seu pleno funcionamento. Portanto, o não atendimento da demanda acarreta a ruptura de estoques e a descontinuidade dos serviços prestados por esta Base Naval aos militares e servidores civis da BNIC e das Organizações Militares apoiadas.